检查细菌挂哪个科室主要是看疾病的器官部位，如果是肺部感染呼吸系统的问题，就要挂呼吸内科，如果是消化系统的问题，就要挂消化内科。如果泌尿道感染就得挂泌尿外科要视情况而定。

如果不能明确是哪个器官感染情况，这个也可以挂感染科，不管是哪个部位的感染，这种都是可以挂感染科的，因为细菌感染属于感染性疾病，细菌感染之后检查的标本可以是痰液，血液，尿液等，有的时候粪便也可以用于做细菌检查，因为细菌性腹泻也是要检查大便细菌培养。